高知市で生まれ育ち、自治医科大学で学ぶ。卒業後、高知中央病院で1年間の卒後臨床研修を受けた。その後、高知中央病院で1年間の卒後臨床研修を行い、医学部の学費を工面するために開業医として勤務した。
1990年に渡米し、ミネソタ州ロチェスターのメイヨークリニック消化器科で臨床フェローシップを修了。その後、テキサス州ダラスのテキサス大学サウスウェスタン医療センター内科でフェローシップを務める。アメリカで医学を学んだ後、1995年に帰国し、自治医科大学医学部消化器内科に入局。
1998年、山本博則はダブルバルーン内視鏡を発明し、最初の報告を『Gastrointestinal Endoscopy』誌に発表した。また、消化器内視鏡に関する著書も多い。内視鏡的粘膜下層剥離術(ESD)のパイオニアと呼ばれる。1998年にESDを開始し、胃と大腸におけるESD症例の包括的症例報告の筆頭著者である。
1999年から8年間、毎年米国消化器内視鏡学会(ASGE)のビデオフォーラムで先駆的な研究を発表。
2015年、山本教授はASGE国際功労賞、ドイツ消化器内視鏡学会賞、日本消化器内視鏡学会賞を受賞しました。
山本博士はresearchgate.netで450以上の論文を発表している。
彼の貢献は技術革新にとどまらない。彼は熱心な教育者であり、最新の内視鏡技術を世界中の医師に教えている。
現在、日本消化器内視鏡学会理事、日本消化器内視鏡学会国際委員会委員長、Gastrointestinal Endoscopy国際編集委員、Gut編集委員。
その研究、臨床経験、医学教育への献身を通して、山本教授は内視鏡の未来を切り開き続けている。